南町奉行所の若き同心、橋場一之進（はしばいちのしん）は父・五兵衛（ごへえ）とともに筑波山の素破の里で育つも、戦国の世は過ぎ徳川の時代に素破の秘術を求める者はいなくなる。父は一之進を連れ、筑波の里を出て諸国を流浪し江戸に出た。父は身を粉に働いて同心株を手に入れるも、同心としての暮らしに安心したのか、あっけなく病に倒れてしまった。己の最期を悟った父は同心を継ぐ一之進に「素破の力と技を表へ出さず、あくあまでも陰にて奉公しろ」と言い遺す。しかしその秘めた素性を知る南町奉行・根岸肥前守光慶（ねぎしひぜんのかみみつよし）は一之進に素破の秘めたる力を発揮して、武家屋敷を狙う盗賊・猫目（ねこめ）の源左（げんざ）一味を追うように秘命を下す。かくして一之進の奉行の直属の配下のような日々が始まった。
やがて探索の過程で一之進は甲賀の陽忍、作兵衛（さくべえ）とその娘小夏（こなつ）と知り合い、ともに力を合わせ、猫目の源左の一味を操る「黒い衆（しゅう）」と幾度となく死闘を繰り広げることとなった。中でも一味の女怪「お駒（こま）」は此度、巫女に扮し廃寺を根城に町人相手の悩み相談などと怪しげな動きを見せる。そして一之進に恋心を抱く町道場の女武芸者・天野梨花（あまのりか）と、南町奉行所筆頭同心、阿川十蔵（あがわじゅうぞう）の娘早苗（さなえ）を妖術で操り、なんと一之進に刃を向けさせ……