天下が静けさを取り戻して間もなくのこと。駿府の古城址で、親友でありライバルであり牢人の子どもと「戦ごっこ」に熱中する由比正雪少年。ある日、城址で怪しい格好の男（薬売り）を見かける。いつしか城址には怪異の噂が流れ、城址への立入りを禁止されることに。正雪は牢人達の力を借りてモノノ怪を倒そうと企てる。しかし、モノノ怪に襲われ死者が出て、絶体絶命となった時、再び薬売りが現れ――。その出来事を契機に、少年・正雪は政治に興味を示し文武の修行の旅へ出ることに。やがて大人になった正雪は、牢人や民や自由や幸福のために立ちがることを決意するが――。由比正雪に“何か”の気配を感じとって、その成長を見守り続ける薬売り。果たして動乱の行方やいかに？